在实际生产过程中，为了提高酸奶的风味和质量、延长保质期等，都是采用2种或2种以上的菌种进行混合发酵，而很少用单一菌种发酵。本文对常用的混合发酵进行了总结。
经典混合发酵
这种发酵是用加工酸奶的经典菌种：保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌，以1∶1，或1∶2混合发酵。
两个菌种在发酵特征上具有互补性，做出的酸奶具有两种菌种的复合保健价值。
双歧杆菌混合发酵
这种发酵是用双歧杆菌和保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌一起混合发酵。
双歧杆菌是严格的厌氧菌，不能单独发酵。在混合发酵时，嗜热链球菌先进行生长繁殖，从而消耗牛奶中的氧气，制造厌氧环境，使保加利亚乳酸杆菌和双歧杆菌增殖发酵，产生有益的代谢产物。这样发酵而成的酸奶除了具有普通酸奶的营养价值外，还具有双歧杆菌的保健价值。
干酪乳杆菌混合发酵
这种发酵是用干酪乳杆菌和保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌一起发酵。
干酪乳杆菌具有降低胆固醇水平、控制腹泻、缓解乳糖不耐症等益生菌功能。由于干酪乳杆菌的pH值范围较宽，因此能更顺利地到达肠胃，发挥益生菌功效。
嗜酸乳杆菌混合发酵
这种发酵是用嗜酸乳杆菌和保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌一起发酵。
嗜酸乳杆菌具有提高巨噬细胞和淋巴细胞的活力，以及帮助消化、维持肠道酸碱平衡等功能。
植物乳杆菌混合发酵
这种发酵是用植物乳杆菌和保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌一起发酵。
植物源乳酸菌更适合中国人消化系统，可用于发酵豆花或酸奶。植物乳杆菌主要用于传统食品发酵，是一种健康的微生物有机食品原料。它在帮助消化的同时，可缓解肠功能紊乱以及预防豆类过敏等。
嗜酸乳杆菌与双歧杆菌混合发酵
这种发酵是利用双歧杆菌与嗜酸乳杆菌的互生关系。
嗜酸乳杆菌在生长中需要醋酸盐、维生素和叶酸等作为营养物质，而双歧杆菌在发酵中除能生成醋酸外，还能合成维生素B2和叶酸等多种维生素，供给嗜酸乳杆菌的需要，促进嗜酸乳杆菌的生长增殖。嗜酸乳杆菌在微含氧的乳基质中生长快，可以逐步降低乳基质中的氧化还原电位，并提供各种已分解的容易利用的物质，促进双歧杆菌的生长。同时，混合培养，还可以加快产酸，缩短了凝乳时间，使风味更佳。
嗜酸乳杆菌与乳酪链球菌混合发酵
这种酸奶是利用两菌的某种共生关系来提高产酸速度，缩短发酵时间，并利用后者产生丁二酮特性，从而改善产品风味，使酸奶质地细腻、酸中带甜、甜中有香。
这种混合菌的发酵最佳发酵条件为：混合菌比例1：2，发酵温度41℃，接种量3-5%。两菌混合发酵可有效弥补单纯嗜酸乳杆菌乳的风味不足，增强酸乳的适口性；同时，两菌之间存在某种共生关系，使产酸能力增强，缩短发酵时间。
采用嗜酸乳杆菌与乳酪链球菌在上述最佳发酵条件下制作的酸奶，活菌保存期限为7小时，保留了较高嗜酸乳杆菌活菌数量，具有营养保健功能。
嗜酸乳杆菌与其他菌株
酸奶的生产通常所使用的菌种为保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌。嗜酸乳杆菌、粪肠球菌为人体肠道内的正常菌群，它们不仅能耐受胃酸及胆汁酸的作用，而且还能在肠道内定殖。
粪肠球菌与胃液混合后进行培养，其存活率分别为59%和37%，而保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌的存活率仅有0.65%-0.01%。但是只用嗜酸乳杆菌生产发酵乳制品与用传统发酵剂生产的产品不同，很难被消费者接受，而与酸奶菌，即嗜热链球菌、保加利亚乳杆菌一起发酵生产，可生产出具有不同营养价值和风味的发酵乳制品，同时还可解决传统工艺中的问题。
