花青素有抗氧化性、消除人体自由基、缓解视疲劳等功效，在食品、药品和美容保健等方面存在着巨大的发展潜力和良好的应用前景。
食品在加工储存过程中，许多因素会改变其色泽，品质会受到影响。因此，食品生产商常为提高食品的色泽及感官特性，在加工时增添色素。目前，允许大规模生产和使用的天然花色苷食用色素主要有紫番薯色素、桑葚色素、紫玉米色素、甘蓝色素、茄子皮色素、葡萄皮色素、黑果枸杞色素、浆果类色素等。在实际生产中，花色苷作为一类安全性较高的天然色素，经常被用于葡萄酒、各种食品饮料、果酱、糖果、糕点、冰淇淋等食品的着色，赋予食品各式各样的颜色。如：复配出的花青素黑豆蛋白营养液，有着较高的花青素含量，蛋白质沉淀率、析乳率较低，稳定性较好，大大降低了对黑豆固有营养物质的破坏程度；将紫甘薯花色苷加入到冰淇淋中，可以赋予其独特的色泽，品质得到提升。
花青素还具有很好的药用价值，在临床上和药品中使用前景广阔。目前，药品在生产过程中，会利用人工合成的色素着色以便识别和区分，常用色素如：靛蓝、胭脂红等。而花青素是天然可食用色素，安全性较高，因此可以作为部分合成色素的替代品使用，应用前景广。
另外，花青素在保健美容行业也有应用。由于花色苷的强抗氧性，可清除过量的自由基，减少对皮肤的攻击，因此具有延缓衰老、保健美容的功效。如：紫马铃薯肉及皮花色苷提取物能明显抑制前脂肪细胞的分化成熟，并能阻止脂肪在细胞中积累，具有较好的瘦身功效；葡萄籽花青素可去除自由基，抑制弹性蛋白酶的合成并抑制其活性，保护弹性蛋白结构完整，从而延缓皮肤老化。
