光对食用色素具有较大的破坏性，必须尽可能保护成品不受光的直射。耐光性好的食用色素有柠檬黄、诱惑红、亮蓝；耐光性差的有赤藓红、靛蓝。
高温对食用色素也具有破坏性。用户应尽可能在低温的时候加入食用色素，时间越晚越好。加入食用色素后，产品最好不需要进一步加热。耐热性最好的是柠檬黄、日落黄、胭脂红、诱惑红、亮蓝，靛蓝不耐热。
所有食用色素在酸碱条件下与金属接触褪色加快，尤其是在高温下。柠檬黄、诱惑红耐酸碱性较好，靛蓝在酸碱条件下褪色很快，赤藓红在pH值小于4时会沉淀。所有合成色素都受还原剂的影响，很多情况下会完全褪色，如罐装食品中金属与酸性物质发生反应、加工水果时添加二氧化硫作防腐剂、加入维生素C、产品中滋生微生物等。
受高温高压影响，色素与蛋白质发生反应导致褪色，尤其是在加工鱼肉制品时。
