1972年，原厦门水产学院创办水产加工系，1994年,厦门水产学院等五校合并组建为集美大学，2001年，水产与食品相关科系组建为生物工程学院，2014年生物工程学院更名为食品与生物工程学院。
学院本科按食品科学与工程类大类招生，二年级按食品科学与工程、生物工程、环境工程三个本科专业分流培养。现有食品科学与工程和生物学两个一级学科硕士学位授权点，并均为福建省一级重点学科，食品科学、水产品加工与贮藏、微生物学为福建省二级重点学科，同时设有农业硕士（食品加工与安全领域）和工程硕士（食品工程领域）两个专业学位授权点；2014年开始招收水产学水产加工方向博士研究生，2015年开始招收水产学水产加工方向博士后。目前，学院已形成了完整的人才培养体系和协调发展的办学格局。学院现有在校本科生1117人，硕士和博士研究生214人，博士后2人。
师资队伍和学科建设
学院现有专任教师66人，其中，教授15人、副教授33人，具有高级职称教师占72.7％。教师中具有博士学位42人，占63.6％。另聘“闽江学者”讲座教授3人。专任教师中，享有国务院政府津贴获得者2人，省级教学团队1个，省青年五四奖章集体及个人2个，入选福建省“百千万人才工程”3人，入选厦门市拔尖人才2人。
学院建有水产品深加工技术国家地方联合工程中心、国家级海洋食品加工与安全研究生实践教育示范基地、福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室、福建省食品微生物与酶工程重点实验室、福建省海洋功能食品工程技术研究中心、福建省生命科学基础教学示范中心等教学科研平台。教学、科研仪器设备总数3000多台（套），总价值5000多万元，为教学及科研提供了良好的工作条件。
科学研究
学院围绕“高效利用海洋生物资源、提高水产品加工附加值”主题，展开了系列研究，在水产食品酶学、海洋资源高值化利用、水产食品过敏原基础理论与控制技术等方面形成了一定的优势与特色。特别是针对福建省丰富的藻类、贝类、甲壳类等开展了系列工作。重点分为三个方面——研究海洋食品及其原料的物理化学特性以及在加工、保鲜贮运过程中品质变化的规律；海藻经济多糖改性酶的发酵生产技术及其在海藻深加工中的应用；海洋生物活性物质的高效提取。解决了海洋动植物资源利用率低、产品附加值不高等制约产业可持续发展的瓶颈问题。
近5年，学院先后承担了国家自然科学基金项目、国家863、国家科技支撑计划、福建省科技计划、厦门南方海洋研究中心项目等200多项，取得了一批具有较高学术价值、应用价值和社会效益、经济效益的科研成果。研究方向紧密结合福建省的实际，并逐渐在水产品保鲜与加工、海洋生物资源开发利用、食品发酵工程、食品安全检测与控制、农副产品保鲜与加工等方面形成了一定的优势与特色。近5年承担的项目和在研项目主要有“鲍鱼肌肉蛋白特性及其变化对产品品质影响机制的研究”“蟹类食品加工中过敏性消减的生物学基础及安全检测”“鱼类明胶蛋白基可食性包装膜的基础研究”“水产品加工副产物的高值化利用——生物活性物质的酶解制备”“藻类高值产品开发技术研究与应用”“利用低值海参开发功能性产品的关键技术研究与应用”“龙须菜寡糖的安全性检测及其在水产品加工质量方面的功效研究”等。近年来，先后获福建省科技奖二等奖5项、三等奖10项，厦门市科技奖二等奖1项、三等奖8项。
人才培养与对外合作
人才培养方面，综合社会对人才的需求及学生个性化的发展方向，学院实施“厚基础、宽口径、强能力、高素质、重实践、能创新”的应用人才培养战略。探索多形式人才培养模式，如实行大类招生；实施提高学生工程实践和创新能力的“3+1卓越人才培养计划”，即3年在校内学习，1年到企业实习进行工程实践；搭建以专业社团、食品文化节、创新创业训练计划、学科竞赛和职业技能培训为依托的创新创业能力提升平台；培养具有“诚毅”品格，能适应社会、经济、科学技术发展需要，知识、能力、素质协调发展，扎实掌握专业理论知识和实践技能的应用型创新人才。
学院从美国克莱姆森大学、美国田纳西大学、华南理工大学等聘请闽江学者讲座教授3人，与美国的克莱姆森大学、日本的东京海洋大学、中国的台湾大学等8所海内外高校建立了长期的合作关系。在校企合作方面，与福建安井食品股份有限公司、厦门古龙食品有限公司、绿新（福建）食品有限公司等10多家知名企业建立了长期的科学研究与人才培养的合作关系，推动了学科的发展，并扩大了海内外影响力。
专家库
1. 刘光明
集美大学食品与生物工程学院院长：长期从事水产食品加工与安全应用基础研究，主持或参与多项国家自然科学基金项目，多项研究获得中国发明专利。中国食品科学技术学会第六届理事会理事，福建省生物医学工程学会第五届理事会副理事长，福建省食品科学技术学会理事会常务理事。
致力于减少水产食品过敏反应研究，让更多人安全、放心地享受水产食品。他领衔的 “水产食品过敏原的基础研究”获2014年福建省自然科学奖；“食品过敏原检测和脱敏新技术研究及产品开发”获2014年度中国食品科学技术学会技术进步奖。他还积极探索食品安全专业教育的发展，他主导的“食品安全专业方向核心课程体系的建设与改革实践”获2014年福建省第七届高等教育教学成果奖。
2. 曹敏杰
教授、博士生导师，集美大学副校长，水产品深加工技术国家地方联合工程研究中心主任，享受国务院特殊津贴专家，福建省优秀教师，中国水产学会水产加工和综合利用专委会委员，福建省“百千万人才工程”人选。
3. 陈发河
教授、硕士生导师，福建省食品科学技术学会副理事长，中国农学会农产品贮藏加工分会常务理事，中国农业工程学会农产品加工与贮藏工程分会常务理事。
4. 蔡慧农
教授、硕士生导师，福建省食品微生物与酶工程重点实验室主任，厦门市食品生物工程技术研究中心主任，国务院特殊津贴专家，厦门市拔尖人才。
5. 黄志勇
教授、硕士生导师，集美大学食品与生物工程学院副院长，福建省“百千万人才工程”人选。
6. 倪辉
教授、硕士生导师，福建省食品微生物与酶工程重点实验室副主任，食品生物技术学科带头人。
7. 翁武银
教授、硕士生导师，集美大学食品与生物工程学院食品系主任，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选，厦门市重点引进人才。
8. 肖安风
教授、硕士生导师，集美大学食品与生物工程学院生物工程系主任，福建省海洋功能食品工程技术研究中心副主任，厦门市海洋功能食品重点实验室副主任。
9. 陈晓梅
教授、硕士生导师，福建省新世纪优秀人才支持计划获得者，厦门市食品安全专家库专家。
10. 刘静雯
教授、硕士生导师。
11. 王力
教授、硕士生导师，福建省食品安全专家库专家，国家自然科学基金委化学科学部无机化学学科网络评审专家，厦门市重点引进人才。
